En 1634 Pérez Roldán se encontraba en Toledo intentando convertirse en cantor (tenor) en la catedral. En 1636 trabajaba como maestro de capilla y canónigo de la colegiata de Berlanga, pero en noviembre se trasladó a la catedral de Toledo como claustrero y director de coro, obteniendo la prebenda de tenor en junio de 1638. En 1639 se le ofreció el puesto de maestro de capilla en Calahorra. Hacia diciembre de 1641 se encontraba en la catedral de Málaga, con la esperanza de convertirse allí en maestro de capilla; sin embargo, la competencia no fue oficialmente realizada hasta marzo de 1642. Ganó el puesto, pero lo dejó el 30 de octubre de 1645, posiblemente debido a desacuerdos con músicos de la capilla. Desde al menos el 15 de marzo 1648, el día que su madre murió, fue maestro de capilla en el Convento de la Encarnación de Madrid.

Una carta al rey Juan IV de Portugal, de 22 de junio de 1654, relata la fama de Pérez Roldán y al mismo tiempo lo describe como un perezoso y con tendencia a atribuirse el trabajo de otros. En febrero de 1655 recibió una invitación para volver a su antiguo puesto en Málaga, que rechazó porque sus gastos de viaje no se habrían pagado por adelantado. En 1661 era presbítero y el capellán del Rey, así como maestro de capilla en el Convento de la Encarnación; aún tenía todos esos puestos en 1664, cuando fue juez en la competencia por la maestría de la Catedral de Segovia. El 18 de junio de 1667 ya no estaba trabajando en el convento de Madrid, y el 22 de julio fue nombrado maestro de capilla de la Catedral de Segovia; Sin embargo, el 26 de octubre de 1670 había desaparecido, llevándose todo con él, incluyendo sus partituras, y rompiendo todos sus compromisos. En 1671 asumió el cargo de maestro de capilla en la catedral de León, pero fue pensionado en octubre. Sus deudas fueron perdonadas y se le concedieron 300 ducados para su retiro a cambio de devolver ciertas partituras musicales a la iglesia.

Edición discográfica con una obra de Juan Pérez Roldán

Sin embargo, en diciembre de 1671 se convirtió en maestro de capilla en la catedral de Nuestra Señora del Pilar, de Zaragoza, y de inmediato tuvo que hacerse cargo de la música para la Navidad y la Epifanía. Inmediatamente después de estas fiestas, el 9 de enero de  1672, el capítulo decidió que, debido a la edad de Pérez Roldán, la aención de los niños debería pasar al organista Joseph Muniesa, que no debe haber sido mucho más joven. La última noticia de Pérez Roldán se encuentra en una carta, de 13 de febrero de 1672, de Joaquín Falqués, el capellán del Rey y músico de la capilla real, dirigida a él en Madrid. Además, Andrés Lorente lo menciona entre los buenos maestros modernos en "El porqué de la Música" (Alcalá de Henares, 1672). En noviembre de 1673 había un nuevo maestro de capilla en El Pilar. La mayor parte de las obras de Pérez Roldán se conservan en las catedrales de Zaragoza, que, teniendo en cuenta su renuencia a dar sus composiciones a ninguna iglesia, sugeriría que murió en esa ciudad. En agosto de 1673 una de sus obras (una "Misa de la Batalla") fue entregada por un cantor de la Catedral de Segovia, Pedro de la Puebla, para saldar una deuda que había contraído con el capítulo.

Durante su vida Pérez Roldán fue considerado un gran compositor, y un siglo después Iriarte, en su poema "La música", lo colocó entre los grandes compositores españoles. Aparece como habiendo tenido una sólida formación en el contrapunto, como lo demuestran tanto sus composiciones de estilo antiguo como sus villancicos, que son elaborados y de gran interés melódico y armónico. Su uso de la disonancia y la modulación confiere a sus obras un estilo personal claramente reconocible. Su madrigal "Ah del sol" es una de las pocas obras españolas conocidas para conjunto instrumental del siglo XVIII. La música de "Tetis y Peleo" puede ser atribuida a él con toda seguridad. Fue compuesta para celebrar la Paz de los Pirineos y el matrimonio de María Teresa, hija de Felipe IV, con Luis XIV. Pérez Roldán reutilizó fragmentos de "Tetis y Peleo" para crear villancicos para la resurrección y para la Virgen, con el nuevo texto de Vicente Sánchez, titular de El Pilar y colaborador habitual con sus maestros de capilla.